Programet e studimit të ciklit të dytë synojnë të japin njohuri bazë mbi metoda shkencore të përgjithshme dhe aftësi të caktuara në lidhje me shkencat sportive.
Programet e studimit në Universitetin e Sporteve të Tiranës kanë 120 kredite (ECTS) dhe kohëzgjatja e tyre është 2 (dy) vite akademike.
1.Fakulteti i Shkencave të Lëvizjes
Ofron 2 (një) program studimi në ciklin e dytë Master Shkencor:
Master Shkencor në Shkenca Sportive 
Master Shkencor në Mësuesi në Edukimin Fizik e Shëndetësor
2.Fakulteti i Vepritarisë Fizike dhe Rekreacionit
Ofron 1 (një) program studimi në ciklin e dytë Master Shkencor:
Master Shkencor në Aktiviteti Fizik dhe Shëndeti